Клінічна значущість генотипів cagA та vacA у бактерій H. pylori з погляду стійкості до антибіотиків

Інфікування cagA-позитивними штамами Helicobacter pylori було пов'язане з підвищенням ризику розвитку стійкості до метронідазолу.

Було проведено систематичний огляд та мета-аналіз для визначення взаємозв'язку присутності цитотоксин-асоційованого гена А (cagA) та гена вакуолізуючого цитотоксину A (vacA) зі стійкістю до антибіотиків ізолятів Helicobacter pylori (H. pylori).

Для виявлення релевантних робіт було здійснено пошук у таких електронних базах даних, як Google Scholar, DOAJ, EMBASE, Scopus, PubMed та Clarivate. Для оцінки якості включених в аналіз досліджень було використано шкалу Університетів Ньюкасла та Оттави (Newcastle-Ottawa Scale, NOS). Для проведення статистичного аналізу вилучених робіт було використано комп'ютерну програму Comprehensive Meta-Analysis, версія 2.2.

Для визначення можливої ​​кореляції між присутністю генів cagA та vacA та стійкістю до кларитроміцину, левофлоксацину, амоксициліну, метронідазолу та тетрацикліну обчислювали відношення шансів та 95% довірчий інтервал. В якості додаткового заходу щодо усунення впливу неоднорідності на загальні результати було виконано аналіз чутливості та аналіз методом метарегресії. Для визначення того, чи є у включених в аналіз роботах систематична помилка, пов'язана з переважною публікацією позитивних результатів дослідження, і наскільки сильно вона впливає на результати, був проведений аналіз методом trim and fill, а також оцінка за допомогою лійкоподібного графіка, тесту Еггера та тесту Бігга.

Було виявлено наявність сильної кореляції між cagA-статусом патогену та підвищенням стійкості до метронідазолу (відношення шансів, ВШ 2,69). Під впливом cagA-позитивних штамів у населення західних країн може посилюватися стійкість до левофлоксацину (ВШ 11,33), амоксициліну (ВШ 19,68) та метронідазолу (ВШ 1,59). Після обробки даних з використанням методу trim and fill скориговане ВШ суттєво не відрізнялося від вихідних значень. Це свідчить про те, що результати оцінки у підгрупах були статистично значущими. Навпаки, наявність штамів з геном vacA часто призводила до зниження стійкості цього патогену до антибіотиків, причому при генотипі vacA s1m1 відбувалося статистично значуще зниження стійкості до метронідазолу (ВШ 0,41). Стійкість до антибіотиків штамів із генотипом vacA s2m2 була мінімальною. Це може бути пов'язано з відсутністю здатності таких штамів викликати запалення. Вплив неоднорідності на загальні результати було задовільно усунуто шляхом проведення аналізу чутливості та аналізу методом метарегресії. Незважаючи на те, що після обробки об'єднаних даних методом trim and fill значення ВШ стало нижчим, підсумкові результати щодо взаємозв'язку між наявністю гена vacA і стійкістю до антибіотиків залишилися без змін.

У ізолятів H. pylori з присутністю cagA-позитивних штамів є стійкість до метронідазолу. За наявності генотипу VacA s1m1 у патогену підвищується стійкість до амоксициліну та левофлоксацину. При цьому при наявності генотипу vacA s1m2 стійкість до кларитроміцину та метронідазолу знижується, тоді як за наявності генотипу vacA s1m1 стійкість до метронідазолу різко підвищується. У менш вірулентних штамів (з генотипом vacA s2m2) стійкість до антибіотиків була статистично значуще нижчою порівняно з іншими штамами.